Collegato e discendente dal protocollo di intesa firmato da Presidenza del Consiglio dei Ministri e Ministero della Difesa, è stato firmato un Protocollo di intesa tra la Struttura di missione e la Marina Militare, che ha come obiettivo la definizione di un progetto di riallestimento del Museo storico navale di Venezia.
 
Il progetto prevede la creazione di focus sulla I Guerra mondiale, e la musealizzazione di alcuni importanti spazi storici all’interno dell’Arsenale: il Padiglione delle Navi, con una grande quantità di imbarcazioni storiche antiche e moderne, alcuni bunker della prima Guerra, un sommergibile.
 
A tal fine, è stato creato un Comitato scientifico congiunto, composto da rappresentanti della Struttura e del Ministero della Marina, storici, esperti di storia militare, tecnici esperti in storia della marineria, museologi, rappresentanti della Sovrintendenza ai beni architettonici di Venezia, che hanno lavorato ad un progetto di massima, modulabile a seconda dei finanziamenti, volto a sottolineare il ruolo centrale della città durante la prima guerra mondiale.
Infatti, Venezia non va considerata solo come base navale ma anche come luogo di produzione di sommergibili e fulcro di un’importante base aeronautica di marina, come dimostrano i materiali e le tracce fisiche custoditi tanto nel museo quanto nello stesso Arsenale, rimasto pressoché intatto da allora.