Con la Marina Militare è stata sottoscritta, il 6 agosto 2013, una Convenzione per la progettazione e la realizzazione del nuovo allestimento del Museo Navale militare e della musealizzazione degli spazi dell’Arsenale, anche grazie alla costituzione di un Comitato scientifico e di un Responsabile Unico del Procedimento.
 
Il progetto riguarderà alcuni importanti spazi storici all’interno dell’Arsenale: il Padiglione delle Navi, con una grande quantità di imbarcazioni storiche antiche e moderne, bunker della prima Guerra, un sommergibile.