A l’annexe et en complément du protocole d’accord signé par la Présidence du Conseil des Ministres et le Ministère de la Défense, un Protocole d’accord entre la Structure de mission et la Marine militaire a été passé visant à définir un projet de réaménagement du Musée historique naval de Venise.
Le projet prévoit la réalisation de points focaux sur la Première Guerre mondiale et d’espaces muséaux dans l’Arsenal - le Pavillon des Navires, avec l’exposition d’un grand nombre de bateaux  historiques anciens et modernes, de bunkers de la Grande Guerre,     d’ un sous-marin.
 
Dans ce but, un Comité scientifique conjoint a été installé où siègent des représentants de la Structure de mission et du Ministère de la Marine, des historiens,  des experts d’histoire militaire, des techniciens spécialistes en histoire de la marine, des  muséologues,  des représentants de la Surintendance au Patrimoine architectural de Venise,  qui ont travaillé à un projet préliminaire, modulable en fonction des financements, visant à mettre en lumière le rôle central de la ville pendant la Première Guerre mondiale.
 
En effet, Venise ne doit pas seulement être considérée comme une base navale mais aussi comme un site de fabrication de sous-marins et le centre d’une base d’aviation navale très importante, comme en témoignent les matériaux et les vestiges matérielles conservés aussi bien dans le musée que dans l’Arsenal, qui n’a presque pas changé depuis.